風險控制是 「危害控制技術」與「管理技術」的整合，須尋求可降低、減輕或排除風險之策略與方法。有效之控制措施可降減或消除風險三要素之一（可能性、嚴重性或面對的危險）。步驟3乃依據步驟2之輸出，以評估之最高風險的危險作為開始，對這些危險因素，儘可能找出最多之可選用的風險控制方法。最好的控制方法，是可以與作業目標協調一致，並且使可用資源（人力、物資、設備、金錢、時間）作最佳運用。

　　本軟體尋求可選用之控制方法包括兩種分析工具。第一種工具是風險控制主選單（Macro Options List, MOL ），包括：拒絕風險（Reject）、避免風險（Avoid）、延後風險（Delay）、轉移風險（Transfer）、分散風險（Spread）、補償風險（Compensate）、增加風險（Reduce）、降低風險（Reduce）；第二種工具是風險控制選擇矩陣（Control Options Matrix, COM），計45種控制方法，並以10個群組作分類。其中包括：工程改良(能量管理)、增加防護措施、改良作業流程、限制曝險、人員甄選、教育與訓練、警示、激勵、降低影響力、復原。

　　風險控制主選單（MOL ）主要的功能為排除全部或部分風險；風險控制選擇矩陣（COM）主要的功能為減低風險。因此在尋求控制方法時應先使用風險控制主選單（MOL ），當風險無法排除時，再使用風險控制選擇矩陣（COM）。
操作「風險控制主選單 MOL」或「風險控制選擇矩陣 COM」時，僅需於主顯示面選擇該項危險右側之「」或「」按鈕即可進入操作顯示面。參考顯示面下方的導引提示思考可行的風險控制做法，並填入於作法說明欄。若要輸入多於一個「風險控制方法」（如避免），可運用右側的「新增(A)」按鈕增列方法與說明。若要刪除則僅需於該風險控制方法之作法說明欄留下空白即可。

　　本系統專業級以上版本(不含標準版)具備內建或連結資料庫功能，相關風險控制之作法範例顯示於視窗下半部作法說明欄。在欄位最上方顯示的是標準版的引導提示，以前後加註【＊】符號的方式予以區別，接續為資料庫內容，先後顯示之順序則是以常用程度作為安排，也就是愈常用的選項將會出現在愈前方，而愈不常用的選項將會愈晚出現。

　　下圖為操作「風險控制主選單 MOL」的視窗。若要選取「轉移更具能量/更能承擔風險/具有特殊技術單位執行」僅需使用滑鼠按二下控制方法的資料庫內容文字，就可以將下方的文字加到上方的作法說明欄，而後再進行編輯轉化更適切的文字，如此可以較快速的方式完成分析風險控制。

　　下圖為操作「風險控制選擇矩陣 COM」的視窗。與MOL類似，COM中提供45項控制方法，並以10個群組作為分類。其中控制方法具有輸入格框，可在作法說明欄輸入實際控制作法，而群組名稱則以灰底方式顯示，在灰底欄位無法輸入任何文字。